1821-ben Balassagyarmatra került, s előbb Nógrád vármegye aljegyzője.
1837-től esperességi felügyelő volt.
1842–től a Magyar Nemzeti Múzeum igazgatója.
1845-ben első magyarként kapta meg a királyi tanácsosi címet.
Sokat tett az egyházi ügyek, az egyházi oktatás fejlesztéséért, a népnevelés, az ismeretterjesztés és a magyar nyelv terjesztése érdekében dolgozott.
Losoncon könyvtárat alapított.
A Magyar Nemzeti Múzeum igazgatójaként több fejlesztés fűződik a nevéhez.
Sokat tett a Magyar Orvosok és Természetvizsgálók Vándorgyűlései, valamint a Magyarhoni Földtani Társulat megszervezéséért.
1843-ban a Magyar Tudós Társaság (MTA) tiszteleti, 1853-ban igazgató tagjává választották.
Nevét viselő Kubinyi Ágoston - program a magyarországi múzeumok fejlesztését szolgálja.